Základy knižničného fondu položil Vladimír Kedrovič, prvý riaditeľ múzea. Aj vďaka jeho akvizičnej práci obsahuje mnohé vzácne tituly, dnes už bežne nedostupné. Najobsiahlejší je fond z oblasti histórie, ktorý okrem súčasnej odbornej literatúry zahŕňa množstvo maďarských publikácií a lexikónov z 18. a 19. storočia. Zvláštnu pozornosť si zasluhuje fond starých tlačí zo 16. až 19. storočia, zväčša v jazyku nemeckom, maďarskom a latinskom. 

Najstaršou tlačou v knižnici múzea je Kronika sveta z roku 1584. K ďalším vzácnym titulom patrí biblia – Biblj swata Starého a Nowého zákona, vydaná v roku 1722. V niektorých starých tlačiach možno vzhliadnuť exlibrisy – knižné značky pôvodných vlastníkov, či už šľachticov, náboženských alebo laických vzdelancov. Kvôli vzácnosti starých publikácií a tlačí a z dôvodu ochrany špecifického knižničného fondu, je knižnica verejnosti k dispozícii iba formou prezenčného štúdia.